Em 1999, de acordo com deliberações da 1ª Conferência Municipal de Educação criou-se o Conselho Municipal de Educação de Londrina para exercer função consultiva com 24 representantes da sociedade civil organizada. 

Em setembro de 2001 foi realizada a 2ª Conferência de Educação e deliberou-se que o CMEL teria função deliberativa e 25 representantes.

Em fevereiro de 2002, o CMEL elegeu a sua diretoria e Comissões de Trabalho. A partir de então, através das comissões, o CMEL passou a reformular o seu Estatuto; elaborar a lei de sua criação e a do Sistema Municipal de Ensino, bem como estudar as necessidades e levantar dados da educação infantil, ensino fundamental, educação de jovens e adultos e educação inclusiva, objetivando participar na elaboração das políticas públicas para a educação de Londrina.

Em 23 de dezembro de 2002, foi aprovada a Lei Municipal 9.012, que cria o Sistema Municipal de Ensino.